به گزارش مفدا، به دنبال این پیام، استفساری از سوی جانشین وقت فرماندهی کل قوا از دفتر حضرت امام خمینی(ره) به عمل آمده که حضرت امام(ره) معین نمایند که متولی اداره بسیج دانشجو و طلبه چه ارگانی باشد؟ و مرحوم حجت الاسلام سیداحمد خمینی در مورخه ۶۷.۱۰.۱۲ نظر بنیانگذار انقلاب اسلامی را به شرح ذیل پی نوشت نمودند : «حضرت امام(ره) فرمودند: تشکیل بسیج دانشجو و طلبه به عهده بسیج مستضعفین سپاه پاسداران است.» [سیداحمد خمینی۶۷.۱۰.۱۲]
در آذرماه ۱۳۶۸ از محضر مقام معظم رهبری پیرامون بسیج دانشجویی استعلام گردید و معظم له فرمودند: «با بسیج دانشجویی موافقم و آن را لازم و ضروری می دانم.» و با رهنمودهای خویش بر محوریت دانشجویان به عنوان متولیان امر بسیج دانشجویی تأکید نمودند.
پس از آن شورای عالی انقلاب فرهنگی اصول کلی طرح نحوه تأسیس بسیج دانشجویی را تصویب نمود. لذا پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی از سیزدهم دیماه ۱۳۶۹ مرکز بسیج دانشجویی تهران تأسیس شد و مسئولیت تشکیل دفاتر بسیج را در دانشگاه‌ها عهده‌دار شد. با شکل‌گیری قانونی بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها براساس توان بالای متکی بر ایمان دانشجویان بسیجی، بسیج دانشجویی به سرعت در این محیط مقدس تشکیل و گسترش یافت.  بدین‌سان فرزندان خمینی کبیر(ره) که افتخار بسیجی بودن آن پیرسفر کرده را برای خود موهبتی بزرگ می‌شمردند، آغازگر حرکت بنیادینی شدند که رسالت آن از سوی بنیانگذار جمهوری اسلامی و نوید دهنده فتح سنگرهای کلیدی جهان اسلام توسط اسلام ناب محمدی(ص) به عهده ایشان نهاده شده بود.

با شکل‌گیری قانونی بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها براساس توان بالای متکی بر ایمان دانشجویان بسیجی، بسیج دانشجویی به سرعت در این محیط مقدس تشکیل و گسترش یافت.  بدین‌سان فرزندان خمینی کبیر(ره) که افتخار بسیجی بودن آن پیرسفر کرده را برای خود موهبتی بزرگ می‌شمردند، آغازگر حرکت بنیادینی شدند که رسالت آن از سوی بنیانگذار جمهوری اسلامی و نوید دهنده فتح سنگرهای کلیدی جهان اسلام توسط اسلام ناب محمدی(ص) به عهده ایشان نهاده شده بود.راهی که رهبر فرزانه انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه‌ای (مدظله العالی) نیز بر تداوم آن تأکید نموده و مهر تأیید زدند از این رو به منظور تحقق آرمان‌ها و ارزش‌های انقلاب اسلامی و ضرورت تسریع در حرکت اسلامی کردن دانشگاهها و مراکز آموزش عالی و نیز اشاعه تفکر بسیجی به ویژه از سال ۱۳۷۴ به بعد موافقت نامه‌هایی بین نیروی مقاومت بسیج با وزارت فرهنگ و آموزش عالی در مورخه ۱۳ مهرماه ۱۳۷۵ ، دانشگاه آزاد اسلامی در مورخه ۲۵ فروردین 1376 و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در تاریخ ۱۷ تیرماه ۱۳۷۶ به امضا رسید که طرفین در آن نسبت به تقویت و گسترش فعالیت‌های بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی تصریح کرده و جهت تحقق آن اعلام آمادگی نمودند.

پس از طی دوره اولیه ایجادی و رشد سخت افزاری در بسیج دانشجویی، همت دانشجویان بسیجی علاوه بر توسعه کمی معطوف به افزایش هرچه بیشتر کیفیت و تحول نرم افزاری گردید. در سال ۱۳۷۶ جمعی از دانشجویان بسیجی دانشگاه تهران توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را کسب نموده و ضمن بیان بینش‌ها، نگرش‌ها و روش‌های خود دغدغه های خویش را معروض داشتند. رهبر معظم انقلاب در این دیدار صمیمی و معنوی فرمایشات بسیار مهمی را بیان فرمودند که سرآغاز تحولی بنیادین در بسیج دانشجویی به ویژه در عرصه های فرهنگی و سیاسی گردید. لذا بسیج دانشجویی روز به روز بر کمیت و کیفیتش افزوده می گردید و اقبال عمومی دانشجویان و اخلاص و منطق عمل آنها، راه را برای خدمتگزاری بیشتر می گشود. در سال ۱۳۷۷ به منظور نهادینه شدن تشکیل، تقویت و توسعه بسیج دانشجویی طرحی از سوی نمایندگان مجلس شورای اسلامی مطرح گردید که پس از بحث و بررسی و انجام کارشناسی لازم، در جلسه علنی روز یکشنبه مورخ ۲۲ آذرماه ۱۳۷۷ مجلس شورای اسلامی با اکثریت مطلق آرا و بدون هیچ مخالفی تصویب شد و سپس به تأیید شورای نگهبان رسید. این مصوبه در مورخ ۲۸ آذرماه ۱۳۷۷ طی نامه شماره. ۲۷۷۳ق توسط رئیس مجلس شورای اسلامی به اطلاع رئیس جمهوری اسلامی ایران رسیده است و رئیس جمهوری اسلامی نیز طی نامه شماره ۶۲۸۱۴ ۶ دی‌ماه ۱۳۷۷ آن را به وزارتخانه های ذیربط ابلاغ فرمودند.

 
سال ۱۳۷۹ یکی دیگر از سرفصل های تحولی بسیج دانشجویی آغاز شد، در این سال شرکت کنندگان در نهمین نشست سالانه بسیج دانشجویی سراسر کشور توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را یافته و ضمن بیان دیدگاه‌های خویش، به استماع سخنان گهربار ایشان شامل رهنمودها و تأیید رویکردهای اعلام شده بسیج دانشجویی نایل آمدند.
از اواخر همان سال فعالیت‌های جدی مبتنی بر رویکرد آینده نگر و استراتژیک آغاز شد که منجر به تغییرات بینشی، نگرشی، روشی و ساختاری در این تشکل شد. جلوه‌های این تحول وجود بالغ بر دو هزار و پانصد دفتر بسیج دانشجویی در دانشگاهها و مراکز آموزش عالی کشور بوده که به فضل الهی با گذشت زمان برانسجام، اثربخشی و پویایی آن در راستای نقش آفرینی شایسته در عرصه های دانشگاه، اجتماع و فرای مرزهای جغرافیایی در ابعاد اعتقادی، فرهنگی، علمی، سیاسی، ورزشی، صنفی و آمادگیهای دفاعی می باشد. 

 
مقام معظم رهبری برخی ویژگی های بسیج دانشجویی را چنین بیان می فرمایند:
«بسیج دانشجویی در عین آنکه یک تشکل نظم یافته و برخوردار از سازماندهی است نه در جناح‌های سیاسی هضم و حل می‌شود و نه خود را رقیب سازمان‌های دانشجویی متعارف می شناسد. هر دانشجویی با هر سلیقه سیاسی اگر پایبند به ارزش‌های انقلاب و آماده حضور در عرصه مبارزه فرهنگی و سیاسی با استکبار و ایادی آشکار و نقابدار آن است، می تواند در خیل بسیجیان دانشگاه و عضوی از بسیج دانشجویی باشد.»

متن پیام تشکیل بسیج دانشجو و طلبه از سوی حضرت امام(ره) در دوم آذر ۱۳۶۷

بسم الله الرحمن الرحیم

تشکیل بسیج در نظام جمهوری اسلامی ایران، یقیناً از برکات و الطاف جلیه خداوند تعالی بود که بر ملت عزیز و انقلاب اسلامی ایران ارزانی شد.

در حوادث گوناگون پس از پیروزی انقلاب خصوصاً جنگ، بودند نهادها و گروه‌های فراوانی که با ایثار و خلوص و فداکاری و شهادت‌طلبی، کشور و انقلاب را بیمه کردند ولی حقیقتاً اگر بخواهیم مصداق کاملی از ایثار و خلوص و فداکاری و عشق به ذات مقدس حق و اسلام را ارائه دهیم، چه کسی سزاوارتر از بسیج و بسیجیان خواهند بود.

بسیج شجره طیبه و درخت تناور و پرثمری است که شکوفه‌های آن بوی بهار وصل و طراوات یقین حدیث عشق می‌دهد. بسیج مدرسه عشق و مکتب شاهدان و شهیدان گمنامی است که پیروانش بر گلدسته‌های رفیع آن اذان شهادت و رشادت سر داده‌اند.

بسیج میقات پابرهنگان و معراج اندیشه پاک اسلامی است که تربیت‌یافتگان آن، نام و نشان در گمنامی و بی‌نشانی گرفته‌اند. بسیج لشکر مخلص خداست که دفتر تشکل آن را همه مجاهدان از اولین تا آخرین امضا نموده‌اند.

من همواره به خلوص و صفای بسیجیان غبطه می‌خورم و از خدا می‌خواهم تا با بسیجیانم محشور گرداند چرا که در این دنیا افتخارم این است که خود بسیجی‌ام.

من مجدداً به همه ملت بزرگوار ایران و مسئولین عرض می‌کنم چه در جنگ و چه در صلح، بزرگ‌ترین ساده‌اندیشی این است که تصور کنیم جهان‌خواران خصوصاً آمریکا و شوروی از ما و اسلام عزیز دست برداشته‌اند. لحظه‌ای نباید از کید دشمنان غافل بمانیم. در نهاد و سرشت آمریکا و شوروی کینه و دشمنی با اسلام ناب محمدی -صلی الله علیه و آله و سلم- موج می‌زند.

باید برای شکستن امواج طوفان‌ها و فتنه‌ها و جلوگیری از سیل آفت‌ها به سلاح پولادین صبر و ایمان مسلح شویم. ملتی که در خط اسلام ناب محمدی -صلی الله علیه و آله و سلم- و مخالف با استکبار و پول‌پرستی و تحجرگرایی و مقدس‌نمایی است، باید همه افرادش بسیجی باشند و فنون نظامی و دفاعی لازم را بدانند چرا که در هنگامه خطر، ملتی سربلند و جاوید است که اکثریت آن آمادگی لازم رزمی را داشته باشد.

خلاصه کلام، اگر بر کشوری ندای دلنشین تفکر بسیجی طنین اندازد، چشم طمع دشمنان و جهان‌خواران از آن دور خواهد گردید و الا هر لحظه باید منتظر حادثه باشیم.

بسیج باید مثل گذشته و با قدرت و اطمینان خاطر به کار خود ادامه دهد. امروز یکی از ضروری‌ترین تشکل‌ها، بسیج دانشجو و طلبه است. طلاب علوم دینی و دانشجویان دانشگاه‌ها باید با تمام توان خود در مراکزشان از انقلاب و اسلام دفاع کنند، فرزندان بسیجی‌ام در این مراکز، پاسدار اصول تغییر ناپذیر "نه شرقی و نه غربی" باشند.

امروز دانشگاه و حوزه از هر محلی بیشتر به اتحاد و یگانگی احتیاج دارند. فرزندان انقلاب به هیچ وجه نگذارند ایادی آمریکا و شوروی در آن دو محل حساس نفوذ کنند. تنها با بسیج است که این مهم انجام می‌پذیرد.

و مسائل اعتقادی بسیجیان به عهده این دو پایگاه علمی است. حوزه علمیه و دانشگاه باید چارچوب های اصیل اسلام ناب محمدی را در اختیار تمامی اعضای بسیج قرار دهند.

باید بسیجیان جهان اسلام در فکر ایجاد حکومت بزرگ اسلامی باشند و این شدنی است. چرا که بسیج تنها منحصر به ایران اسلامی نیست. باید هسته‌های مقاومت را در تمامی جهان به وجود آورد و در مقابل شرق و غرب ایستاد. شما در جنگ تحمیلی نشان دادید که با مدیریت صحیح و خوب می‌توان اسلام را فاتح جهان نمود.

شما باید بدانید که کارتان به پایان نرسیده است. انقلاب اسلامی در جهان نیازمند فداکاری‌های شماست. مسؤولین تنها با پشتوانه شماست که می‌توانند به تمامی تشنگان حقیقت و صداقت اثبات کنند که بدون آمریکا و شوروی می‌شود به زندگی مسالمت‌آمیز توأم با صلح و آزادی رسید. حضور شما در صحنه‌ها موجب می‌شود که ریشه ضد انقلاب در تمامی ابعاد از بیخ و بن قطع گردد.

من دست یکایک شما پیشگامان رهایی را می‌بوسم و می‌دانم که اگر مسؤولین نظام اسلامی از شما غافل شوند به آتش دوزخ الهی خواهند سوخت.

بار دیگر تأکید می‌کنم که غفلت از ایجاد ارتش بیست میلیونی، سقوط در دام دو ابرقدرت جهانی را به دنبال خواهد داشت. من از تمامی بسیجیان خصوصا از فرماندهان عزیز آن تشکر می‌کنم و از دعای خیر برای این فرزندان با وفای اسلام غفلت نخواهم نمود.

خداوند شهدای عزیز و گمنام بسیج را به نعمت همجواری اهل بیت -علیهم السلام- متنعم و جانبازان عزیز را شفا و اسرا و مفقودین عزیز را سالم به اوطانشان بازگرداند و هر روز بر عظمت و شوکت این نهاد مقدس و مردمی که پیروان اسلام عزیز و حضرت بقیه الله الاعظم ارواحنا لمقدمه الفدا هستند، بیفزاید.
والسلام علیکم و رحمه‌الله

 
دوم آذرماه سال ۱۳۶۷
روح‌الله الموسوی الخمینی